Giovanni XXIII apre una nuova stagione per i cattolici. Questo Papa di umili origini, per alcuni versi di cultura tradizionalista, aveva pero' maturato sensibilita' verso i problemi delle classi subalterne e riteneva che nelle lotte sindacali "era in giuoco non una questione particolare di salario ... ma un principio fondamentale della liberta' di organizzazione cristiana del lavoro di fronte all'organizzazione potente del capitale".
Nel maggio del 1961 pubblica l'enciclica Mater et Magistra che esprime solidarieta' con le classi lavoratrici e apprezza le conquiste di nuovi diritti. Ma l'enciclica di questo Papa che sollevo' piu' interesse fu la Pacem in Terris che segna l'abbandono dell'integralismo e dell'anticomunismo e da' ai credenti la possibilita' di incontrarsi "con esseri umani non illuminati dalla Fede in Gesu' Cristo, nei quali e' presente la luce della ragione ed e' pure presente ed operante l'onesta' naturale".
Il Concilio Vaticano II (ottobre '62) mise in luce la presenza di correnti fortemente polemiche nei confronti della tradizione dottrinale e politica della Chiesa all'interno della gerarchia ecclesiastica. Nel mondo cattolico cominciarono a diffondersi nuovi modi di vivere il Vangelo. In diversi centri si costituirono comunita' religiose, in cui parroco e fedeli cooperavano in campo liturgico, socio-assistenziale ecc. Fra di esse la piu' nota e' quella dell'Isolotto, sorta in una zona popolare di Firenze, che grazie all'impegno di don Enzo Mazzi assunse la fisionomia di comunita' proletaria.
Intorno al '68 la contestazione in seno alla Chiesa ando' radicalizzandosi, dando luogo anche ad occupazioni di luoghi sacri di culto, come quella del Duomo di Parma ad opera della locale Assemblea cristiana, cui la Comunita' dell'Isolotto invio' una lettera di solidarieta':
... Il Papa, i Vescovi e spesso anche i sacerdoti e i laici piu' qualificati sono ricolmi di onore, di potere, di prestigio, di privilegi, di amicizie influenti, di cultura e in ultimo anche di beni.
... Non si fa questione di buona volonta'.
Si tratta invece di sapere se quella che si proclama la Chiesa di Cristo e' veramente crocifissa con Lui sul legno della maledizione, sul legno della disoccupazione, della instabilita' e incertezza per il domani, dello sfruttamento, della discriminazione, del disadattamento sociale, della privazione di dignita' umana, della fame ecc.
... O se invece il discorso dell'amore della Chiesa e dell'intercomunione nella carita' e' la lapide imbiancata posta ad un sepolcro che nasconde il putridume che nasconde cioe' una inimicizia strutturale verso i poveri, una ineguaglianza e una mancanza d'amore che gridano vendetta al cospetto di Dio."
"Viviamo in una Chiesa che non ha a fondamento i poveri, gli oppressi, i rifiutati, gli affamati e assetati di giustizia.
Alla "dolce e cara memoria" di Giovanni XXIII Pier Paolo Pasolini dedico' il film Il Vangelo secondo Matteo.